计算机集群-fluent计算说明8页.doc

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东五楼计算机集群应用步骤一、申请账户通过提交项目基本情况及所需资源来获得账户和密码二、下载客户端SSH Secure Shell Client，账号连接图1客户端界面1、edit----settings---connection，设置默认连接用户信息，见图2所示：host：211.69.198.201（学校计算机网络节点IP）user：申请的用户名port：端口号22设置好后，以后每次只要点击就可以通过输入密码连接。图2连接设置2、连接后界面图3登陆后界面3、之后就可以输入命令了。4、基本常用命令学习ls查看该路径下的文档（注:是LS哦，不要搞成1S）vi+文件名对该文件进行编辑cd+具体路径进入该路径的文件夹下比如：cd/home/liugf/fluent cd空格..进入上级文件夹cd进入下级文件夹按键盘delete或者backspace回删文字*表示所有东西i编辑模式（用于更改job文件及oar文件，输入i才能更改文件内容）cp复制cp*../文件名/复制所有东西到上一级文件夹里rm删除Esc（键盘按键）:wq：退出编辑并保存（用于用于更改job文件及oar文件）oarsub–S./oar提交任务（在计算文件存放路径下提交）oarstat查看任务oardel job id（具体任务的ID号）删除任务，用于计算过久或者计算出错时查看硬盘下还有多少空间du–sh用户名三、将linux版本的fluent上传到高性能计算机中心并安装（liugf的账号已经安装，后来人不用管安装的事了，要学的可以学学）1、软件下载地址：ed2k://|file|[Ansys流体动力学系统].Ansys.Fluent.6.3.Linux.x64.zip|156044630|6cb356346568a23b15c0731378afb0f1|/2、上传，通过点击进入如下界面：该界面是一种ftp上传软件，可通过鼠标拖拽，把个人机的文件上传到计算结点给用户分配的存储空间上。左为个人电脑，右为计算结点。图4上传文件界面5、安装fluent（1）建立安装目录/home/liugf/fluent，把安装文件放在该目录下，liugf为账户名，可根据需要更改。（注：盘符下的文件夹不能有中文名）（2）本例子中解压缩过程有两种文件，一种是zip文件，一种是tar文件，解压zip文件：unzip解压文件名（大小写保持一致）解压tar文件：tar–xvf解压文件名-x：提取文件；-v：处理过程中输出相关信息；-f：对普通文件操作。注:不同类型的压缩文件解压缩命令不同，可根据具体情况百度学习。（3）对tar文件解压缩后出现sh格式的文件，可以直接安装该文件。安装命令：./xxx.sh注：XXX为文件名四、运行计算程序1、运行前要知道的东西（1）一次最多只能提交12个任务（2）每个任务不能计算超过120小时（3）16个cpu是计算效果最好的，但也要视具体模拟情况而定，要的cpu越多，你的任务越有可能被排到后面。（4）有四个重要文件host、hostib、job、oar（感谢煤燃烧王林同学的提供^_^），其中job和oar是根据你具体的计算更改的。（5）每计算一个算例，都要把上面四个文件放在计算文件所在路径下。（6）Job文件修改简介假设我的计算文件在这个路径下：/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes l首先进入该路径cd/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes l想看的话可以查看下该路径下有什么东东输入ls，就可以看到[liugf@node01~]$cd/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes[liugf@node01 8nodes]$ls 14cap0.002s.cas 14cap0.002s.dat host hostib job oar l要编辑job文件，输入vi job，进入job文件，可以看到图5 job文件的内容l输入i，进入可以编辑的模式。稳态计算的job范例：命令解释/file/read-case-data/home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap.cas读入case和data文件下一句是文件路径/grid/reorder/reorder-zones重组网格，有利于计算（待验证）/file/auto-save/root-name/home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap设置自动保存的文件名/file/auto-save/case-frequency 1000/file/auto-save/data-frequency 1000每算100步保存一个case和data文件/solve/iterate 150000迭代150000步/file/write-case-data/home/liugf/users/jiani/14cap/steady/8nodes/14cap计算完成，保存文件/exit y结束fluent运算非稳态计算的job范例：（经过俺的多次摸索，总算成功了。。。。）命令解释/file/read-case-data/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap.cas读入case和data文件下一句是文件的路径/grid/reorder/reorder-zones重组网格，有利于计算（待验证）/file/auto-save/root-name/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap设置自动保存的文件名/file/auto-save/case-frequency 200/file/auto-save/data-frequency 200每算100步保存一个case和data文件/solve/set/time-step 0.00003设置时间步长/solve/dual-time-iterate 100000 50共计算100000个时间步，每个时间步最大迭代数为50/file/write-case-data/home/liugf/users/jiani/14cap/unsteady/8nodes/14cap计算完成，保存文件/exit y结束fluent运算用键盘移动光标，修改其中的命令，具体命令可学习fluent的命令手册。l编辑oar文件，vi oar可以看到下面界面（涂色的可以修改）：#!/bin/sh###set current work directory##OAR-cwd#reserve resource#OAR-l nodes=2/cpu=4,walltime=120:00:00注：设置所需的计算资源及计算时间###Job Name#OAR-n 14capsteady（注：自己定一个区别与别人的作业名）###directory###Output#OAR-O out#OAR-E err##import the environment varialbes##$-V###Script command echo echo-----Running on host`hostname`echo-----Start time is`date`echo-----Directory is`pwd`echo/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/bin/fluent 3d-g-ssh-cnf=$OAR_NODEFILE-t8-i job注：你的fluent的安装路径，要选择二维还是三维求解器，几核，-g是在后台计算的意思#fluent 3d-g-pib-mpi=mvapich-cnf=host-t1-i job>output echo echo-----End time is`date`exit注:编辑并保存完oar文件后，还需对它进行一次编译，让他变成绿色，oar。编译命令：chmod 755 oar 2、开始计算（1）把要修改的修改了，那四个文件放在你的计算文件所在文件夹下。（2）提交作业l输入命令：oarsub–S./oar注:S要大写l好了，提交成功，那边会给你提供一个作业ID号比如121345，如果有现成的空结点，就可以直接开始算了，如果没有，只能排队等了，如果排队时间很长，你又想把计算文件修改一些设置，可以抓紧时间把计算文件换了，重新上传，文件名不要变就好。l如果你的计算出错，可以删除作业oardel 121345(作业id号)l查看作业运行情况oarstat 3、可能遇到的问题l如果你的某个程序变态了没法退出，只能用强制关闭命令：pgrep–u账户名|xargs kill-9 l如果你的出错文件err里面写了下面的东西，找管理员，让他帮你弄吧，我也不知道怎么回事，在这个问题上我折腾了很久。期间还遇上黑客攻击东五楼的情况。/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6.3.26/cortex/lnamd64/cortex.3.7.3-f fluent-g-i job(fluent"3d-pethernet-host-r6.3.26-t8-mpi=hp-cnf=/tmp/oar_runtime//166754-path/home/liugf/fluent/Fluent.Inc-ssh")Starting/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6.3.26/lnamd64/3d_host/fluent.6.3.26 host-cx blade31.hust.edu.cn:58970:42168"(list(rpsetvar(QUOTE parallel/function)"fluent 3d-node-r6.3.26-t8-pethernet-mpi=hp-cnf=/tmp/oar_runtime//166754-ssh")(rpsetvar(QUOTE parallel/rhost)"")(rpsetvar(QUOTE parallel/ruser)"")(rpsetvar(QUOTE parallel/nprocs_string)"8")(rpsetvar(QUOTE parallel/auto-spawn?)#t)(rpsetvar(QUOTE parallel/trace-level)0)(rpsetvar(QUOTE parallel/remote-shell)1)(rpsetvar(QUOTE parallel/path)"/home/liugf/fluent/Fluent.Inc")(rpsetvar(QUOTE parallel/hostsfile)"/tmp/oar_runtime//166754"))"Welcome to Fluent 6.3.26 Copyright 2006 Fluent Inc.All Rights Reserved Loading"/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6.3.26/lib/flprim.dmp.1119-64"Done.Starting/home/liugf/fluent/Fluent.Inc/fluent6.3.26/multiport/mpi/lnamd64/hp/bin/mpirun-TCP-f/tmp/fluent-appfile.10892 Host key verification failed.mpirun:Warning one more more remote shell commands exited with non-zero status,which may indicate a remote access problem.l有时候产生了err文件，但是没什么大问题，还是可以计算，可以通过打开out文件，查看残差等信息。l上面问题都解决的话，基本就没什么大问题了。2010-6-6撰于化机所。